Wydawnictwo Naukowe Wyższej Szkoły Cła i Logistyki działa od 2002 roku. Publikuje i rozpowszechnia skrypty, monografie, opracowania, materiały dydaktyczne oraz konferencyjne. Większość publikacji dotyczy dziedzin takich jak: logistyka, transport, cło, międzynarodowe stosunki gospodarcze. Wydawnictwo wydaje także Zeszyty Naukowe, w których prezentowany jest dorobek naukowy nie tylko pracowników naszej uczelni, ale również przedstawicieli innych ośrodków akademickich. Do tej pory ukazały się 83 publikacje książkowe oraz 29 numerów zeszytów.